Après des études de piano et de violoncelle, Stephan Werner s’oriente vers la contrebasse au Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris, ou il y obtient un Premier prix. Il est ensuite nommé contrebasse solo à l’Orchestre philharmonique de Strasbourg et enseigne également au Conservatoire à rayonnement régional de Strasbourg.

Parallèlement, il mène une carrière de chambriste en tant que membre du Festival Strings Lucerne et du Mainzer Kammerorchester, ainsi que dans la musique contemporaine en tant que membre du Nouvel Ensemble Contemporain (Suisse) et musicien invité de l’Ensemble intercontemporain.

Également attiré par la direction, Stephan Werner est sélectionné pour étudier avec Seiji Ozawa a Tanglewood (Etats-Unis), où il dirige de nombreux concerts.