Gebürtig aus Kōchi (Japan), studierte Samika Honda bei Gérard Poulet und Olivier Charlier am Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris. Sie ist Preisträgerin zahlreicher nationaler und internationaler Wettbewerbe im Bereich Violine und Kammermusik und gründete das Ensemble Monsolo (Klavierquartett), das für seine Einspielung der Quartette von Chausson und Mahler mehrfach ausgezeichnet wurde.

Samika Honda hat mehrere Alben aufgenommen, darunter eine vielbeachtete Interpretation der Sechs Sonaten für Violine solo von Eugène Ysaÿe, die 2010 beim Label Polymnie erschienen und im Januar 2011 vom The Strad Magazine zur "CD des Monats" gekürt wurde. Beim selben Label veröffentlichte sie gemeinsam mit dem Pianisten Emmanuel Christien ein Duo-Album mit Werken von Ropartz, Chausson und Lekeu, die alle Ysaÿe gewidmet sind (2011). Mit demselben Pianisten nahm sie außerdem ein Album mit Miniaturen – berühmten Stücken und bislang unveröffentlichten Ersteinspielungen – auf, das bei einem japanischen Label erschien und dort mehrere Auszeichnungen erhielt.

Seit 2016 ist sie Erste Konzertmeisterin des Orchestre philharmonique de Strasbourg.