Nach Studien in Klavier und Violoncello entschied sich Stephan Werner für den Kontrabass und absolvierte seine Ausbildung am Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris, wo er mit einem Premier Prix ausgezeichnet wurde. Anschließend wurde er zum Solo-Kontrabassisten des Orchestre philharmonique de Strasbourg ernannt und unterrichtet zudem am Conservatoire à rayonnement régional de Strasbourg.

Parallel dazu verfolgt er eine Karriere als Kammermusiker und ist Mitglied der Festival Strings Lucerne sowie des Mainzer Kammerorchesters. Zudem engagiert er sich intensiv in der zeitgenössischen Musik als Mitglied des Nouvel Ensemble Contemporain (Schweiz) und als Gastmusiker des Ensemble intercontemporain.

Auch das Dirigieren fasziniert ihn: Stephan Werner wurde ausgewählt, um bei Seiji Ozawa in Tanglewood (USA) zu studieren, wo er zahlreiche Konzerte dirigierte.